農委會將禁止侵權農產品進口並主動在外銷國家申請品種權，以防品種外流中國大陸，但學者表示，兩岸對智慧財產權都不重視，台灣應加強品種權概念，並建立更健全權利金保障制度，買賣雙方自然可形成一套商業機制，否則品種太多，單靠政府根本管不了。

逢甲大學國貿學系教授楊明憲表示，品種外流嚴重，根本問題是兩岸對智財權不重視，農民擔心會增加成本，但總要有相關機制改善，讓農民必須面對品種權及付費概念。他說，前陣子訪問一家引進日本大理花的花卉農場，權利金是銷售金額兩成，除了業者要誠實申報，種苗商也會不定時查緝、檢查銷貨紀錄，這些作法都是自然形成的商業機制。

楊明憲建議，政府要提供的是平台，包括品種清單、權利金，讓農民了解各品種特色、市場接受度等，回歸商業模式進行；若什麼事都要動用政府，根本無法一一清查所有農產品，但雙方若有糾紛，政府也要適當仲裁。

針對台灣品種外流到中國大陸的問題，楊明憲認為雙方仍要有協商機制跟平台，台灣希望大陸重視智慧財產權就需要官方規範，但台灣要求別人的同時，自己也要做得到。現在不少研發成果來自民間，若沒有更健全的權利金保障制度，民間不會願意投入研發。

台大農藝學系名譽教授郭華仁表示，技術上要阻絕侵權農產品進口可以鑑定品種，但重點是要看進口國海關檢驗夠不夠強大。品種外流確實難以防止，因為竊取種苗、種子方式太簡單，可能還是要加強在本國及外銷國家申請品種權，但中國法規比較寬鬆，即使申請品種權，農民還是可以自行繁殖，這方面較難解決。